La façade sur rue, les façades sur cour (y compris l'escalier avec sa voûte d'arêtes et sa rampe) et la toiture : inscription par arrêté du 27 avril 1954
Le sanctuaire, à savoir : la basilique en totalité, la chapelle Notre-dame incluant celle de Saint Thomas et les bâtiments intermédiaires en totalité ; les façades et toitures de l'ancienne tour de l'observatoire astronomique ; les façades et toitures de la maison carrée qui abrite le musée ainsi que sa cour et son ancienne chapelle en totalité ; le parvis avec sa clôture et tous ses éléments maçonnés, l'esplanade avec ses éléments maçonnés, les façades et toitures de la maison des Chapelains à l'exception du restaurant moderne la jouxtant (occupant partiellement la parcelle AL 142) ; le jardin du Rosaire avec ses escaliers d'accès, les allées et les éléments maçonnés ainsi que les parcelles sur lesquelles le sanctuaire se trouve, tels qu'ils sont représentés sur le plan annexé à l'arrêté, le tout situé sur la place et la colline de Fourvière (cad. AL 125, 142 à 145) : classement par arrêté du 25 mars 2014
L'ensemble des bâtiments de l'ancien couvent, y compris les parties reconstruites au 19e siècle : le cloître et les bâtiments l'entourant (l'église et ses deux chapelles latérales, la cour d'entrée avec le grand portail sur rue, l'aile triangulaire au nord avec son pavillon, l'aile orientale avec son pavillon, l'aile sud) , le bâtiment qui prolonge au sud l'aile orientale du cloître avec son pavillon central à l'est et les deux terrasses de l'ancien jardin qui le jouxtent à l'ouest (cad. AL 22) : inscription par arrêté du 21 janvier 2005 - En totalité, la cavité dite "caveau de Saint-Pothin", avec son autel, ses grilles et les 19 lampes de sanctuaire qui subsistent fixées aux grilles et aux murs, la chapelle souterraine attenante avec son autel, ses lampes en applique et son portique d'entrée situé au niveau du cloître, le sol du même cloître dans sa totalité, l'ensemble faisant partie de l'ancien hôpital de l'Antiquaille (cad. AL 22) : classement par arrêté du 6 juillet 2005