Le portail sis 3bis, rue Pernelle : inscription par arrêté du 23 février 1925 - L'aile sud et son jardin (cad. AD 124, 125) : inscription par arrêté du 25 février 2010
Le muséum en totalité, comprenant les ailes Fleuriau et Lafaille, ainsi que l'ancien évêché (cad. AL 180, 181) : inscription par arrêté du 27 octobre 2003
le pavillon central en totalité (correspondant aux lots 13, 15, 16, 17) ainsi que l'escalier situé dans l'aile principale sud-ouest avec son plafond peint et sa cage d'escalier (partie commune correspondant aux lots 1 à 9) (cad. EM 79) : inscription par arrêté du 16 juin 2010
En totalité, les hôtels Poupet, Lanussé et Pont des Granges, qui constituent la préfecture, y compris le décor intérieur, le jardin avec ses murs de clôture et ses grilles, et le sol de la parcelle (cad. EL 10) : inscription par arrêté du 10 mai 2006